Марафоны являются неотъемлемой частью физической подготовки в муай тай. В Таиланде бег считается «королём», и многие тренеры считают его важнее работы на падах. Бег помогает развивать выносливость, необходимую для успешных выступлений на ринге.
Существует две теории беговой подготовки: одна предполагает развитие выносливости на длинных дистанциях, другая — использование высокоинтенсивных интервальных тренировок для достижения хорошей выносливости. Тренеры выбирают разные системы в зависимости от индивидуальных особенностей своих учеников.
Развивая выносливость, необходимую для успешных выступлений на ринге, спортсмен готовит себя к серьёзной работе в зале. Профессиональные бойцы проводят по 5–6 часов в зале, и бег является важным аспектом их подготовки.